Bachs Kirchenmusik, die neben origineller Erfindungsgabe sein bei Padre Martini erworbenes technisches Können zeigt, und besonders seine italienischen Opern sind typisch für die „neuneapolitanische Schule“. Er ist der einzige der Bach-Söhne, von dem Opern überliefert sind.
Besonders sein Einfluss auf den jungen Mozart und damit die Wiener Klassik sind bis heute nachvollziehbar.